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献给初学者：如何高效查找质粒图谱

发布: 2017-09-12 20,475阅读 104评论

做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，今天就给大家介绍一下怎么查找质粒图谱。

方法一：使用 Vector NT 软件

Invitrogen 公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音。要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。

这款软件的软件包里面会包括 Invitrogen 公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。

方法二：查找质粒图谱的网站

Vector Database（addgene）
地址：http://www.addgene.org/

这个网站很页面很人性化，以前叫做 lablife，现在网站做了整合，传送门 http://www.91bio.com/carriers-website-to-find/，比如查找 pRS 类质粒图谱，直接在搜索框输入 pRS，可以看到此类质粒一共有三十多个。

找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了。

拿第一个质粒 pRSII413 举例，如上图，质粒图谱是不是很难看？对，我也觉得很难看，没关系，看见 view sequence 了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了。

Vector DB
网址：http://genome-www.stanford.edu/vectordb/vector.html

此网站页面比较简陋，但分类比较直观，总结和分类都比较完整。基本包括了所有表达系统的质粒信息。

不过唯一有一点不爽的就是，这个网站没有搜索栏，太不人性化了。那如何在那么多质粒信息中查找到我们所需要的质粒的信息呢？没关系，我们有网页字符查找功能，见红色标记部分。

方法是：网页工具栏编辑——–在此页上查找，然后输入你的质粒名称，就可以了。比如：我们输入 pRS，是不是就和搜索栏一样出现有用信息了？

点击我们需要的质粒进入下以页面，以质粒 pRS303 为例，如下图：有用信息除了对该质粒进行的一些描述性语言外，最重要的要算是红色标记部分了，Sequence Link 进入是该质粒的序列。NCBI Link 点击直接进入了 NCBI，如何在 NCBI 中得到质粒图谱，下面将进行详细解释。

NCBI
网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

重点介绍如何用 NCBI 查找质粒图谱信息。如下图，Search 下拉框中选中 Nucleotide，搜索栏输入质粒名称，拿 pRS303 举例：

Search 后，得到搜索结果，如下图，点击右边的 send to，选中 file、genebank 等选项，点击 Create File 选项，得到一个 gb 格式的文件，导入 vector 软件中，就得到了我们需要的质粒图谱了。

Google 及 Google 学术
Google 确实是个好东西，学生物的应该好好的学习下它的用法，虽然对于墙内有时总提示无法打开，但搜索的效率真的很高。

检索式子：质粒名 + map

质粒名 +sequence +filetype:txt or filetype:pdf

或者：进入 google，点击「图片搜索」，直接查找图谱。

其他的一些核酸数据库
欧洲分子生物学实验 EMBL：http://www.ebi.ac.uk/

方法三：一些重要试剂公司网页

其实也是一些网站，因为这些网站除了得到质粒图谱等信息，还可以得到关于质粒使用方面的信息，因此单独拿出来做一个分类。现在很多质粒，特别是应用比较广泛的质粒都一些公司商业化的质粒，基本是由一个质粒你就会联想到一个公司的名字。

比如简单的，克隆载体 pMD18-T，TaKaRa；pGM-T，天根；一些表达载体，使用最广泛的，pET 系列，Novagen 公司（默克）的；有双 MCS 的 Duet 系列载体，Novagen 的；毕赤酵母表达质粒 pPIC3.5k，pPIC9k，pPICZA，pPICZaA 等等，都是 Invitrogen 的；另外一些 pYES 酿酒酵母表达系统，也是 Invitrogen 的，因此知道常见的质粒是哪个公司的，去他们公司网站上肯定可以找到该质粒的相关信息。

在他们公司主页搜索栏直接搜索质粒名称，得到质粒序列，图谱什么的都不成问题，而且可以下到表达系统操作手册，原核表达看完 pET 表达系统操作手册，真核系统看完毕赤酵母表达系统。

方法四：如何查找经过改造过的质粒的质粒图谱

有些质粒是经过改造的，所以通过上述方法不能查询到相应信息。这时，可以在 google scholar 中输入质粒名称，可以直观地看哪些学者在何文章中使用了该质粒，从而可了解到质粒的来源或者籍此向作者咨询或索取。

google scholar: http://scholar.google.com/

另外介绍下如何通过文献查找经过改造的质粒的图谱信息，Kuhlman, T. E. and E. C. Cox （2010）。 「Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs.」 Nucleic Acids Res 38（6）： e92.

这篇文献，介绍了一种大肠杆菌染色体整合的方法，文中介绍了三个质粒，是由作者自己改造了，如何查找到这三个质粒图谱呢？

首先在 PubMed 中搜索到该文献，如下图。

很多人找到文献，仅仅将文献下载下来就 OK 了，其实还有很多有用的信息，比如文章的 supplementary，还有如上图右边的标记部分，Nucleotide，protein 都是一些很重要的信息。点击右边的 Nucleotide，进入如下页面，文中涉及到的六个质粒序列全都有，点击进入，按照方法二中，NCBI 下载质粒图谱的方法就可以得到这几个质粒的图谱，当然，前提是该文章的作者已将载体信息上传 NCBI。

 

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