您的位置 首页 工具使用

癌症组学meta分析工具汇总（无代码）

发布: 2020-04-07 6,953阅读 93评论

前言：应师姐们的邀请，把大四时做Meta-Analysis的一些工具汇总到这里(也有一些新的)。其实做分析的工具很多，分析流程大同小异，最重要的是要明白分析流程的原理和各个参数的意义。

做预后分析的几个网站

oncoLnc:http://www.oncolnc.org/

Tips：这个是根据某个gene高表达和低表达进行分组，做的预后分析，数据来源于TCGA。

Step1:输入感兴趣的gene，submit。

image.png

Step2：选择癌症，点击Yes Please!(这里需要对癌症的各个缩写熟悉一下啦)

image.png

Step3：选择高低表达的分界线（预后分析的关键参数）

可选填50/50，即中位数划分。也有其他划分方法（如均值mean，或者上30%，下30%等等），submit后等结果吧。

image.png

Step4:就是出图啦

image.png

Progene：http://genomics.jefferson.edu/proggene/

Progene包含了TCGA和GEO的数据。

image.png

这个网站就需要一步填好所有的Input和参数了。

最上面的三个框框，有三种输入格式，可根据自己的情况选择。查看单个基因的选第一个输入。

第二个框框，选择癌症类型。

第三个框框，做预后就不用改。

第四个框框，看见那个MEDIAN了吗？就是高低表达的分界线，默认是MEDIAN(中位数)。

image.png

点一下，看到有四个选项哦，自己去看各个参数的含义吧，用MEDIAN比较多。

我用TP53和BREAST举个例子吧。

我在第一个框框输入TP53后，其他不动（默认BREAST和MEDIAN），点击NEXT。就跳出来下面这个界面。这里需要选数据集（一般选all），只有被选中的，才会画图哦。

image.png

点击SELECT/DESELECT ALL，看到YES前面的小框框打勾后，就可以点击CREATE PLOTS了。

image.png

最后结果：这里只展示了第一个结果。

image.png

可以做表达分析+预后分析的网站

GEPIA2:http://gepia2.cancer-pku.cn/#index

看到pku.cn结尾，就知道这个是北大开发的工具，不仅仅可以做表达分析，也可以做预后分析（请自己去摸索流程，和前面几个网站的流程是一样的，现在有很多一体化流程的分析网站，但是分析的思路都是差不多的，这点自学能力要有，而且网站一般很友好的，不行还有百度不是么）。

分析流程总共有四个，Single Gene Analysis, Cancer Type Analysis, Custom Data Analysis以及Multiple Gene Analysis。

image.png

依旧是TP53举例子，做个Single Gene Analysis, 点击 GoPIA! 后，就能看到许多漂亮的图了,可以看到TP53在各种癌症里的表达情况，有Dotplot和Barplot(仅展示了Barplot)，还有其他一些信息。

image.png

chrislifescience: http://www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2/

一个前辈开发的网站，还有公众号教程（公众号：Chris生命科学小站，原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/TeNDfTPHptnyU4Gah-ASLQ），就不搬运了。

image.png

尾声：至于我是怎么做的，当然是R/Bioconductor啦，因为出图风格一致（ggplot2）。后续再整理R代码版本的吧（先挖一个坑，不知道什么时候填）。

语雀文章链接：https://www.yuque.com/docs/share/492ff9ae-aa81-4a6e-9840-22075ad51855?#

637赞



相关文章

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。 必填项已用*标注

评论列表(93)

联系我们

联系我们

(44)07934433023

在线咨询: QQ交谈

邮箱: info@bioengx.org

关注微信
微信扫一扫关注我们

微信扫一扫关注我们

关注微博
返回顶部