您的位置 首页 Protocol

Bio3D的安装与应用实例（DCCM）

发布: 2022-01-03 2,074阅读 301评论

1. Bio3D的介绍

Bio3D 是一款依托于 R 语言的工具包，包含用于分析生物分子结构、序列和轨迹数据的实用程序。功能包括读取和写入生物分子结构、序列和动态轨迹数据的能力，执行原子选择、重新定向、叠加、刚性核识别、聚类、距离矩阵分析、守恒分析、正常模式分析和主成分分析。

2. Bio3D的安装

本机Window10系统
Bio3D下载链接来源：
http://thegrantlab.org/bio3d/articles/online/install_vignette/Bio3D_install.html
先不急着安装，需要先下载R语言：
https://bitbucket.org/Grantlab/bio3d/downloads/
安装并打开R语言，输入：
install.packages(“bio3d”, dependencies=TRUE)【详细解释见：https://rdrr.io/r/utils/install.packages.html】

出现界面如下：

选择一个工作镜像（China内）即可完成安装
检测是否成功安装：输入help(package=”bio3d”)出现“关于编辑包‘bio3D’ 的信息”即为成功安装。

3. Bio3D应用实例

以Bio3D计算DCCM作为应用实例。
动态相关性矩阵（Dynamic cross-correlation matrices, DCCM），表示蛋白质中每个氨基酸的特定原子，比如Cα原子和其它氨基酸的Cα原子之间的相关性，提供蛋白质在大尺度范围内相关运动的一些信息。DCCM计算数值的取值范围从完全负相关的-1.0到完全正相关的+1.0。越接近数值1表示相关性越强，正负表示两个原子运动方向相同（反）。

首先需要准备两个文件.dcd和.pdb（以taq DNA聚合酶为例）

打开R语言
library(bio3d)
require(bio3d); require(graphics);
pause <- function()
cat(“Press ENTER/RETURN/NEWLINE to continue.”)
pause()
trtfile <- system.file
(“D:/Program Files/R/R-4.1.0/bin/x64/start.dcd”,package=”bio3d”)
dcd <- read.dcd(“D:/Program Files/R/R-4.1.0/bin/x64/start.dcd”) (#定位到.dcd和.pdb所在的文件夹)
pdbfile <- system.file
(“D:/ProgramFiles/R/R-4.1.0/bin/x64/start.pdb”,package=”bio3d”)
pdb <- read.pdb(“D:/ProgramFiles/R/R-4.1.0/bin/x64/start.pdb “)
print(pdb)
pause()
dim(dcd)
ncol(dcd) == length(pdb$xyz)
pause ()
ca.inds <- atom.select(pdb, elety = “CA”)
xyz <- fit.xyz(fixed = pdb$xyz, mobile = dcd,
fixed.inds = ca.inds$xyz,
mobile.inds = ca.inds$xyz)
DCCM的计算:
cij <- dccm(xyz[,ca.inds$xyz])
plot(cij)

RMSD的计算(表示整个结构随时间的位置差异)：
rd <- rmsd(xyz[1,ca.inds$xyz], xyz[, ca.inds$xyz])
plot(rd, typ= “l”, ylab = “RMSD”, xlab = “Frame No.”)
points(lowess(rd), typ =”l”, col = “red”, lty = 2, lwd = 2)
summary(rd)
pause()

RMSF的计算 (表示单个氨基酸残基的柔度，或计算模拟过程中特定残基移动的程度)：
rf <-rmsf(xyz[, ca.inds$xyz])
plot(rf, ylab =”RMSF”, xlab = “Residue Position”, typ=”l”)
pause()

PCA的计算(Principal ComponentAnalysis,主成分分析)
pc <- pca.xyz(xyz[,ca.inds$xyz])
plot(pc, col= bwr.colors(nrow(xyz)))

备注：.dcd文件可以通过VMD来获得。即
先将GROMACS得到的last10ns.xtc转为start.pdb
gmxtrjconv -s md.tpr -f last10ns.xtc -o start.pdb -dump 0 （选择1, protein）
打开VMD，将start.pdb转存为start.dcd

751赞
标签:



相关文章

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。 必填项已用*标注

评论列表(301)

  7. It is actually a great and useful piece of information. I’m glad that you just shared this helpful information with us. Please stay us up to date like this. Thank you for sharing.

    https://rhydyfelinrfc.co.uk/

    回复

  9. Thẳng đá Bóng Thời Điểm Hôm Nay, Liên Kết Coi Bóng Đá Trực Tuyến 24h m88Đội tuyển futsal Việt Nam đã có một trận đấu chấp nhận được trước đối thủ đầy sức mạnh Lebanon. Kết trái Bà Rịa-Vũng Tàu vs Bình Phước hôm nay 18h00 ngày 5/5, Hạng nhất nước ta.

    https://averiepresley.jimdofree.com/

    回复

  50. I’m not sure where you are getting your information, but great topic. I needs to spend some time learning more or understanding more. Thanks for fantastic information I was looking for this info for my mission.

    回复

  53. Собственное производство металлоконструкций. Если вас интересует навес из поликарбоната цена мы предлогаем изготовление под ключ металлоконструкции навесы

    回复

  62. Как выбрать платформу, которая не подведет, не обманет и принесет максимум прибыли? Мы проанализировали десятки криптобирж, сравнили их комиссии, безопасность, удобство и поддержку пользователей, чтобы вы могли торговать с уверенностью.
    Сколько вы уже потеряли из-за неправильного выбора биржи? Пора это исправить! Узнайте, какие платформы возглавляют рейтинг в 2025 году и почему именно они стали фаворитами миллионов трейдеров по всему миру. рейтинг криптобирж для торговли волатильными активами

    回复

  66. What’s up to all, the contents existing at this web site are really remarkable for people knowledge, well, keep up the nice work fellows.

    blog.surus.org

    回复

  73. Предлагаем услуги профессиональных инженеров офицальной мастерской.
    Еслли вы искали сервисный центр asus, можете посмотреть на сайте: сервисный центр asus
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复
  74. Ремонт телевизоров Xiaomi Москва说道：

    Предлагаем услуги профессиональных инженеров офицальной мастерской.
    Еслли вы искали ремонт телевизоров xiaomi, можете посмотреть на сайте: ремонт телевизоров xiaomi
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  76. Этот обзор сосредоточен на различных подходах к избавлению от зависимости. Мы изучим традиционные и альтернативные методы, а также их сочетание для достижения максимальной эффективности. Читатели смогут открыть для себя новые стратегии и подходы, которые помогут в их борьбе с зависимостями.
    Углубиться в тему – https://vyvod-iz-zapoya-17.ru/

    回复

  82. Предлагаем услуги профессиональных инженеров офицальной мастерской.
    Еслли вы искали официальный сервисный центр xiaomi, можете посмотреть на сайте: сервисный центр xiaomi в москве
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  86. Предлагаем услуги профессиональных инженеров офицальной мастерской.
    Еслли вы искали сервисный центр xiaomi в москве, можете посмотреть на сайте: сервисный центр xiaomi
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复
  95. 📙 You have received a notification № 479. Read > https://telegra.ph/Go-to-your-personal-cabinet-08-25?hs=2567cfb065f0138005cadc3139ac3635& 📙说道：

    hdsnri

    回复
  102. 📈 Email: You got a transfer №CE85. Go to withdrawal => https://telegra.ph/Go-to-your-personal-cabinet-08-25?hs=2567cfb065f0138005cadc3139ac3635& 📈说道：

    qjkjnd

    回复

  104. Начните массовую индексацию ссылок в Google прямо cейчас!
    Быстрая индексация ссылок имеет ключевое значение для успеха вашего онлайн-бизнеса. Чем быстрее поисковые системы обнаружат и проиндексируют ваши ссылки, тем быстрее вы сможете привлечь новую аудиторию и повысить позиции вашего сайта в результатах поиска.
    Не теряйте времени! Начните пользоваться нашим сервисом для ускоренной индексации внешних ссылок в Google и Yandex. Зарегистрируйтесь сегодня и получите первые результаты уже завтра. Ваш успех в ваших руках!

    回复

  106. Профессиональный сервисный центр по ремонту сотовых телефонов в Москве.
    Мы предлагаем: починка телефонов
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  124. Профессиональный сервисный центр по ремонту бытовой техники с выездом на дом.
    Мы предлагаем: ремонт крупногабаритной техники в воронеже
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  136. Профессиональный сервисный центр по ремонту сигвеев в Москве.
    Мы предлагаем: ремонт segway
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  137. Профессиональный сервисный центр по ремонту сетевых хранилищ в Москве.
    Мы предлагаем: ремонт сетевого хранилища
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  138. He gulps once as his dad mounts more pressure on his balls. Squeezing them. “You have not fucked, have you, my son? Have you?” His father asks, as he readjusts the cock covered and swelling in his khaki pants. “I thought as much.”

    回复

  139. “Nope.” He says. Flatly. As he runs his hand over his still steely-hard length of his curved cock. His dad’s cock does not curve like that of his son, it angles like a fishing rod looking for fish under rushing river waters, from the deep furry patch between the father’s legs.

    回复

  140. Профессиональный сервисный центр по ремонту принтеров в Москве.
    Мы предлагаем: принтер ремонт
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  142. Профессиональный сервисный центр по ремонту посудомоечных машин с выездом на дом в Москве.
    Мы предлагаем: ремонт посудомоечной машины хайсен на дому
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  143. Thanks a lot. Helpful information!
    12bet online casino malaysia [url=https://usagamblinghub.com/#]online casino top[/url] top rated online casino sites

    回复

  144. “I look forward to the day when you are a fully grown man, my son.” His father says. “I am anxious to see the fruit of my loins reach his fully-adorned manhood. Adulthood.” [url=https://arturzasada.pl/]dzieciД™ce porno[/url] He looks down. And then smiles at his dad.

    回复

  145. Профессиональный сервисный центр по ремонту гироскутеров в Москве.
    Мы предлагаем: ремонт гироскутеров
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  146. Профессиональный сервисный центр по ремонту моноблоков в Москве.
    Мы предлагаем: замена матрицы моноблока цена
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复
  147. Ремонт кондиционеров в Москве说道：

    Профессиональный сервисный центр по ремонту кондиционеров в Москве.
    Мы предлагаем: вызвать мастера по ремонту кондиционеров
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  149. Good write ups, With thanks!
    online casinos stiftung warentest [url=https://usagamblinghub.com/#]casino game online[/url] hard rock michigan online casino no deposit bonus

    回复
  150. ремонт ноутбуков apple в москве说道：

    Профессиональный сервисный центр по ремонту компьютеров и ноутбуков в Москве.
    Мы предлагаем: ремонт macbook центр
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  151. Thanks a lot! Valuable stuff!
    gday online casino [url=https://luckyusaplay.com/#]best usa online casinos[/url] no deposit bonus online casino 2021

    回复

  152. You actually reported this very well!
    vegas slots casino online [url=https://uscasinoguides.com/#]online casino[/url] online casino with bank transfer deposit

    回复

  153. You said it fantastically!
    parx casino online michigan [url=https://usacasinomaster.com/#]casino gambling online[/url] belarusan online casinos

    回复

  154. With thanks! I like it!
    texas holdem poker casino online [url=https://luckyusaplay.com/#]monkeytilt best online casino[/url] online sports casinos

    回复

  157. Kudos! Lots of forum posts.
    gratis startguthaben online casino [url=https://usaplayerscasino.com/#]casinos gambling online[/url] mass online casino

    回复
  158. ремонт кондиционеров сервис центры в москве说道：

    [url=https://remont-kondicionerov-wik.ru]сколько стоит ремонт кондиционера[/url]

    回复

  159. This is nicely said. .
    online casino az [url=https://luckyusaplay.com/#]online casino with no deposit bonus[/url] online cash casino

    回复

  160. Thanks a lot! I appreciate it.
    online casino estonia [url=https://uscasinoguides.com/#]play casino online[/url] ohio casino online

    回复

  161. Thanks, A lot of postings!
    bet22 casino online [url=https://usagamblinghub.com/#]us casinos online[/url] barcelona casino online

    回复

  162. Kudos, Helpful information.
    let it ride poker online casino [url=https://usacasinomaster.com/#]deposit bonus casino online[/url] what states are online casinos legal

    回复

  164. Good information. Kudos!
    betrivers online casino bonus code [url=https://luckyusaplay.com/#]bet online casino[/url] bandar taruhan casino live online

    回复

  165. Thanks. I enjoy it.
    casino moldova online [url=https://usaplayerscasino.com/#]best online casino[/url] da vinci diamonds online spielen casinos

    回复

  167. With thanks. Plenty of stuff.
    royal 888 casino register online [url=https://usacasinomaster.com/#]popular online casinos[/url] how play casino online

    回复

  168. Thanks, Excellent stuff!
    evolution casino online [url=https://luckyusaplay.com/#]online casino usa[/url] play indian casino online

    回复

  170. You’ve made your position quite effectively..
    kentucky online casinos [url=https://usaplayerscasino.com/#]online casino[/url] casinos online com licença em portugal

    回复

  171. You definitely made your point.
    paradise 8 casino online [url=https://usagamblinghub.com/#]deposit bonus casino online[/url] online casino deutschland freispiele

    回复

  172. Kudos. I enjoy it!
    online casino malta belasting [url=https://usacasinomaster.com/#]social casinos online[/url] 777 bet online casino

    回复

  173. Regards! I appreciate it.
    online casino bonus codes 2020 [url=https://luckyusaplay.com/#]online casino with no deposit bonus[/url] best online casino luxembourg

    回复

  174. Many thanks! Excellent information!
    casinos online internacionales [url=https://usaplayerscasino.com/#]us online casino[/url] online casino best rtp

    回复
  175. ремонт бытовой техники в перми说道：

    Профессиональный сервисный центр по ремонту бытовой техники с выездом на дом.
    Мы предлагаем: сервисные центры по ремонту техники в перми
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  176. Truly plenty of excellent info!
    are online casinos legal in oregon [url=https://usagamblinghub.com/#]online casino games[/url] online casinos like chumba

    回复

  177. Cheers, I like this!
    us legal online casino [url=https://luckyusaplay.com/#]online casino with no deposit bonus[/url] australian online casinos law

    回复
  179. ремонт техники в нижнем новгороде说道：

    Профессиональный сервисный центр по ремонту бытовой техники с выездом на дом.
    Мы предлагаем: сервис центры бытовой техники нижний новгород
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  180. Профессиональный сервисный центр по ремонту камер видео наблюдения по Москве.
    Мы предлагаем: ремонт систем видеонаблюдения
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  181. With thanks! A lot of posts!
    all slots online casino review [url=https://usagamblinghub.com/#]online casino usa[/url] parx casino online real money

    回复

  182. Профессиональный сервисный центр по ремонту компьютероной техники в Москве.
    Мы предлагаем: ремонт системного блока
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复
  185. ремонт кондиционеров сервис центры в москве说道：

    <a href=”https://remont-kondicionerov-wik.ru”>срочный ремонт кондиционера</a>

    回复

  186. ремонт бытовой техники в самаре

    回复

  187. Сломался телефон, думал покупать новый, но решил попробовать отремонтировать. Обратился в этот сервисный центр и не пожалел. Профессионалы своего дела быстро восстановили мой телефон. Рекомендую посетить их сайт: ремонт телефонов на дому в москве.

    回复

  188. Профессиональный сервисный центр по ремонту компьютерных блоков питания в Москве.
    Мы предлагаем: ремонт блока питания цена
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  189. Друзья, если планируете обновить ванную комнату, советую обратить внимание на один интернет-магазин раковин и ванн. У них действительно большой ассортимент товаров от ведущих производителей. Можно найти всё: от простых моделей до эксклюзивных дизайнерских решений.
    Я искал каталог раковин, и они предложили несколько вариантов по хорошей цене. Качество продукции на высоком уровне, всё сертифицировано. Порадовало и то, что они предлагают профессиональные консультации и услуги по установке. Доставка была быстрой, всё пришло в целости и сохранности. Отличный магазин с хорошим сервисом!

    回复

  192. Профессиональный сервисный центр по ремонту фото техники от зеркальных до цифровых фотоаппаратов.
    Мы предлагаем: ремонт проектора
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复
  194. Ремонт персональных компьютеров说道：

    Профессиональный сервисный центр по ремонту компьютероной техники в Москве.
    Мы предлагаем: центральная часть компьютера
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  208. Профессиональный сервисный центр по ремонту бытовой техники с выездом на дом.
    Мы предлагаем: сервисные центры по ремонту техники в москве
    Наши мастера оперативно устранят неисправности вашего устройства в сервисе или с выездом на дом!

    回复

  245. My coder is trying to persuade me to move to .net from PHP.
    I have always disliked the idea because of the expenses.
    But he’s tryiong none the less. I’ve been using Movable-type on numerous websites for about a year and am concerned about switching to another platform.
    I have heard good things about blogengine.net.

    Is there a way I can import all my wordpress content
    into it? Any help would be really appreciated!

    Also visit my webpage: eharmony special coupon code 2024

    回复

  254. This design is incredible! You obviously know how to keep a reader
    entertained. Between your wit and your videos, I was almost moved facebook vs eharmony to find love online start my own blog (well, almost…HaHa!) Great job.
    I really enjoyed what you had to say, and more than that, how you presented it.

    Too cool!

    回复

  258. Wow, fanntastic weblog format! How lengthy have you
    beedn running a blog for? you made running a blog glancde easy.
    Thhe tital glsnce off your sitee is wonderful, as neatly
    aas thee content!

    Checck oout myy bllog – xxx tube

    回复

  274. Wow, fantastic blog format! How lengthy have you ever been running a blog for?
    you make running a blog look easy. The full glance of your
    site is great, as neatly as the content! You can see similar here sklep online

    回复

  280. Hi i am kavin, its my first time to commenting anyplace,
    when i read this piece of writing i thought i could also make comment due to this sensible paragraph.

    Look into my web page vpn coupon code 2024

    回复

  300. 大神，请问得到动态相关性矩阵的csv文件后，怎么用originpro画这种热图呀

    回复
联系我们

联系我们

(44)07934433023

在线咨询: QQ交谈

邮箱: info@bioengx.org

关注微信
微信扫一扫关注我们

微信扫一扫关注我们

关注微博
返回顶部